広域的な閉鎖性海域については、水質汚濁防止法において、当該水域への汚濁負荷量を全体的に削減しようとする水質総量規制の制度が設けられており、東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海について化学的酸素要求量（COD）を指定項目として総量規制を実施してきており、現在平成11年度を目標年度とした第四次の総量規制を実施している。
第四次総量規制に係る総量削減基本方針及び総量削減計画では目標年度における発生源（生活排水、産業排水、その他）別の削減目標量等について定められており、平成6年度の負荷量に対し東京湾で8％、伊勢湾で7％、瀬戸内海で4％、3水域全体では5％の削減を図ることとなっている（図２）。その達成のため、下水道整備の促進を図るとともに、地域の実情に応じ、合併処理浄化槽、農業集落排水施設、コミュニティプラント等の整備等の生活排水対策、工場等の総量規制基準の強化等の産業排水対策、その他の諸対策を総合的に推進することとしている。