閉鎖性海域の環境の保全・創造に関する調査研究について，関係機関から委託を受け，研究者・専門家の協力を得て行っています。
   国内外の研究者，行政官，市民，企業などを対象に，閉鎖性海域の統合的環境管理，里海，環境学習など幅広いテーマで情報交換を行う，セミナーやシンポジウムを開催しています。
  また，活動を国際的に展開するために，国内外の研究者・行政官で構成される科学・政策委員会を置き，当センターの事業に関し審議や協力を得ています。このホームページでは，委員個人の著作物等の情報を可能な限り掲載していきます。
  国際機関との連携では，東アジア海域環境管理パートナーシップ（PEMSEA）の活動に非政府パートナーとして参画し，「東アジア海域における持続可能な開発戦略」を推進していきます。
  この他，1990年以降，(独)国際協力機構（JICA）から委託を受けた「閉鎖性海域の水環境管理技術研修」などの人材育成事業や，海域実験施設を利用した海の環境学習などを実施しています。